Początki szkolnictwa specjalnego na terenie Pszczyny sięgają drugiej połowy lat 60. Były to klasy specjalne dla dzieci upośledzonych umysłowo w stopniu lekkim. Tworzono je przy szkołach masowych. Pierwsze klasy specjalne powstały  w Szkole Podstawowej nr 5, następnie w Szkole Podstawowej nr 1 a także w Szkole Podstawowej nr 4 w Pszczynie. Przy wyżej wymienionych szkołach klasy te funkcjonowały po kilka, kilkanaście lat.

Początki nie były łatwe, ale nie brakowało oddanych sprawie nauczycieli. Do pierwszych z nich należeli: Franciszka Seidel, Stanisław Konarski, mgr Urszula Szpek.

W pierwszej połowie lat 80 wszystkie klasy specjalne skomasowano w Szkole Podstawowej nr 4. Wtedy powstała też pierwsza klasa życia dla dzieci znacznie niepełnosprawnych intelektualnie. Pracę z tą grupą podjęła mgr Ewa Bieniasz.

Po usilnych staraniach mgr Józefa Sosny, ówczesnego dyrektora Delegatury Kuratorium Oświaty i Wychowania w Pszczynie, w roku szkolnym 1991/92 utworzono filię Szkoły Podstawowej nr 4 i zmieniona została baza lokalowa. Klasy specjalne, liczące wówczas 110 uczniów, przeniesiono do Internatu Zespołu Szkół Samochodowych w Pszczynie przy ulicy Zamenhofa  5. W Szkole Podstawowej nr 4 powołany został zastępca dyrektora d/s szkolnictwa specjalnego, funkcję tę objął mgr Marian Ogrodnik.

W roku szkolnym 1994/95 za zgodą Kuratorium Oświaty i Wychowania w Katowicach utworzona została samodzielna placówka – Szkoła Podstawowa Specjalna nr 23 w Pszczynie. Pierwszym jej dyrektorem została mgr Alicja Zuber.

Pierwszy  Dyrektor Szkoły Podstawowej Specjalnej nr 23 w Pszczynie – mgr Alicja Zuber

Z czasem przybywało uczniów, tworzono nowe oddziały, powiększano skromną bazę dydaktyczną, powiększało się grono pedagogiczne.

We wrześniu 1999 r., w związku z reformą wprowadzającą nowy ustrój szkolny, placówka przekształciła się w Powiatowy Zespół Szkół Specjalnych, obejmujący Szkołę Podstawową nr 23 Specjalną oraz Publiczne Gimnazjum nr 7 Specjalne. We wrześniu 1999r powstały też 2 filie szkoły: przy Ośrodku Leczniczo–Rehabilitacyjnym dla Dzieci Niewidomych i Niedowidzących w Rudołtowicach oraz przy DPS  dla dziewcząt w Pielgrzymowicach. Dyrektorem szkoły został mgr Grzegorz Kuczera, który do dziś zarządza szkołą. Wspólnie ze swoim zastępcą mgr Marianem Ogrodnikiem, na przestrzeni lat rozwijali szkołę.

Obecny Dyrektor Zespołu Szkół nr 3 Specjalnych im. Janusza Korczaka w Pszczynie – mgr Grzegorz Kuczera.

W roku szkolnym 2002/2003 rozpoczęła swą działalność Zasadnicza Szkoła Zawodowa nr 4 Specjalna. Pierwsze kierunki kształcenia to: piekarz i kucharz małej gastronomii. Rok później, w ramach szkoły zawodowej  uruchomiono odziały szkoły przysposabiające do pracy dla uczniów z niepełnosprawnością intelektualną w stopniu umiarkowanym i znacznym.

W roku szkolnym 2004/2005 nastąpiła zmiana nazewnictwa placówki na Zespół Szkół nr 3 Specjalnych w Pszczynie. Otwarto Szkołę Specjalną Przysposasabiającą do Pracy, natomiast w szkole zawodowej pojawił się nowy kierunek malarz- tapeciarz.

Ważnym wydarzeniem z życia szkoły było rozpoczęcie w grudniu 2007 roku prac nad wprowadzeniem Systemu Zarządzania Jakością wg. PN-EN ISO 9001:2001.   

Wrzesień 2009 roku zapisał się szczególnie w historii Zespołu Szkół nr 3 Specjalnych w Pszczynie. Naszej placówce nadano imię Janusza Korczaka.

W roku szkolnym 2012/2013 wyremontowane zostały pomieszczenia piwniczne, otwarto w nich siłownię. W tym samym roku w ramach programu unijnego „Radosna szkoła” otwarto plac zabaw na terenach sąsiadujących ze szkołą.

W 2014 roku przeprowadzono wymianę ogrzewania oraz termoizolację budynku szkoły, co w znacznej mierze poprawiło wygląd budynku.

Nowością w roku szkolnym 2016/2017 było wprowadzenie zajęć wczesnego wspomagania rozwoju dziecka w naszej placówce. W tym też roku wyremontowano kolejne pomieszczenie na dolnej kondygnacji. Obecnie znajduje się tam Sala Doświadczania Świata. Dalsze remonty umożliwiły powstanie pracowni ceramicznej i pracowni technicznej.

Sporym przedsięwzięciem był remont w I półroczu roku szkolnego 2020/2021 stołówki szkolnej, polegający na doposażeniu i poprawie standardu obecnie funkcjonującej kuchni i jadalni. Zadanie zrealizowano z dotacji z budżetu państwa – realizowane w ramach modułu 3 wieloletniego rządowego programu „Posiłek w szkole i w domu” dotyczącego wspierania w latach 2019-2023 organów prowadzących publiczne szkoły podstawowe w zapewnieniu bezpiecznych warunków nauki, wychowania i opieki przez organizację stołówek i miejsc spożywania posiłków.

Dodatkowo, w kolejnych latach wykonano kilka znaczących zadań poprawiających infrastrukturę, takich jak: montaż klimatyzacji w sali gimnastycznej, naprawę dachu, wykonanie ogrodu sensorycznego, wymianę nawierzchni placu zabaw.

Obecnie podejmowane są działania w ramach zapewnienia dostępności placówki dla osób z niepełnosprawnościami, między innymi: zakup pętli indukcyjnej oraz dostosowanie naszej szkolnej witryny internetowej, a także przystosowanie WC na najwyższej kondygnacji na potrzeby uczniów poruszających się na wózku inwalidzkim. Dokonano oceny dostępności w naszej szkole oraz opracowano Plan działania na rzecz poprawy zapewnienia dostępności osobom ze szczególnymi potrzebami na lata 2020 -2025r.

Na dzień dzisiejszy w skład Zespołu Szkół nr 3 Specjalnych im. Janusza Korczaka wchodzą:

• Szkoła Podstawowa nr 23 Specjalna;
• Branżowa Szkoła I Stopnia nr 4 Specjalna;
• Szkoła Specjalna Przyspasabiająca do Pracy;
• Oddział szkoły przy DPS w Pielgrzymowicach – dla uczniów z głęboką niepełnosprawnością intelektualną.

Szkoła prowadzi również Wczesne Wspomaganie Rozwoju Dziecka