Początki szkolnictwa specjalnego na terenie Pszczyny sięgają drugiej połowy lat 60. Były to klasy specjalne dla dzieci upośledzonych umysłowo w stopniu lekkim. Tworzono je przy szkołach masowych. Pierwsze klasy specjalne powstały w Szkole Podstawowej nr 5, następnie w Szkole Podstawowej nr 1 a także w Szkole Podstawowej nr 4 w Pszczynie. Przy wyżej wymienionych szkołach klasy te funkcjonowały po kilka, kilkanaście lat.
Początki nie były łatwe, ale nie brakowało oddanych sprawie nauczycieli. Do pierwszych z nich należeli: Franciszka Seidel, Stanisław Konarski, mgr Urszula Szpek.
W pierwszej połowie lat 80 wszystkie klasy specjalne skomasowano w Szkole Podstawowej nr 4. Wtedy powstała też pierwsza klasa życia dla dzieci znacznie niepełnosprawnych intelektualnie. Pracę z tą grupą podjęła mgr Ewa Bieniasz.
Obecny Dyrektor Zespołu Szkół nr 3 Specjalnych im. Janusza Korczaka w Pszczynie - mgr Grzegorz Kuczera.
Po usilnych staraniach mgr Józefa Sosny, ówczesnego dyrektora Delegatury Kuratorium Oświaty i Wychowania w Pszczynie, w roku szkolnym 1991/92 utworzono filię Szkoły Podstawowej nr 4 i zmieniona została baza lokalowa. Klasy specjalne, liczące wówczas 110 uczniów, przeniesiono do Internatu Zespołu Szkół Samochodowych w Pszczynie przy ulicy Zamenhofa 5. W Szkole Podstawowej nr 4 powołany został zastępca dyrektora d/s szkolnictwa specjalnego, funkcję tę objął mgr Marian Ogrodnik.
W roku szkolnym 1994/95 za zgodą Kuratorium Oświaty i Wychowania w Katowicach utworzona została samodzielna placówka - Szkoła Podstawowa Specjalna nr 23 w Pszczynie. Pierwszym jej dyrektorem została mgr Alicja Zuber. Z czasem przybywało uczniów, tworzono nowe oddziały, powiększano skromną bazę dydaktyczną, powiększało się grono pedagogiczne.
Pierwszy Dyrektor Szkoły Podstawowej Specjalnej nr 23 w Pszczynie - mgr Alicja Zuber
We wrześniu 1999r w związku z reformą wprowadzającą nowy ustrój szkolny placówka przekształciła się w Powiatowy Zespół Szkół Specjalnych, obejmujący Szkołę Podstawową nr 23 Specjalną oraz Publiczne Gimnazjum nr 7 Specjalne. Dyrektorem został mgr Grzegorz Kuczera, zaś jego zastępcą mgr Marian Ogrodnik. We wrześniu 1999r powstały też 2 filie szkoły: przy Ośrodku Leczniczo–Rehabilitacyjnym dla Dzieci Niewidomych i Niedowidzących w Rudołtowicach oraz przy DPS dla dziewcząt w Pielgrzymowicach.
W roku szkolnym 2002/2003 rozpoczęła swą działalność Zasadnicza Szkoła Zawodowa nr 4 Specjalna. Pierwsze kierunki kształcenia to: piekarz i kucharz małej gastronomii. Rok później, w ramach szkoły zawodowej uruchomiono odziały szkoły przysposabiające do pracy dla uczniów z niepełnosprawnością intelektualną w stopniu umiarkowanym i znacznym.
W roku szkolnym 2004/2005 nastąpiła zmiana nazewnictwa placówki na Zespół Szkół nr 3 specjalnych w Pszczynie. Otwarto Szkołę specjalną Przysposasabiającą do Pracy, natomiast w szkole zawodowej pojawił się nowy kierunek malarz- tapeciarz.
Ważnym wydarzeniem z życia szkoły było rozpoczęcie w grudniu 2007 roku prac nad wprowadzeniem Systemu Zarządzania Jakością wg. PN-EN ISO 9001:2001.
Wrzesień 2009 roku zapisał się szczególnie w w historii Zespołu Szkół nr 3 Specjalnych w Pszczynie. Naszej placówce nadano imię Janusza Korczaka.
W roku szkolnym 2012/13 wyremontowane zostały pomieszczenia piwniczne, otwarto w nich siłownię. W tym samym roku w ramach programu unijnego "Radosna szkoła" otwarto plac zabaw na terenach sąsiadujących ze szkołą.
W 2014 roku przeprowadzono wymianę ogrzewania oraz termoizolację budynku szkoły, co w znacznej mierz poprawiło wygląd budynku.
Nowością wprowadzoną w roku szkolnym 2016/17 było wprowadzenie wczesnego wspomagania ucznia w naszej placówce, w tym też roku wyremontowano kolejne pomieszczenie na dolnej kondygnacji. Obecnie znajduje się tam pracownia myzyczna.
Dalsze remonty umożliwiły powstanie pracowni ceramicznej, pracowni technicznej ze stanowiskami krawieckimi.
Najnowszym przedsięwzięciem był remont w I półroczu 2020/2021 stołówki szkolnej, polegający na doposażeniu i poprawie standardu obecnie funkcjonującej kuchni i jadalni. Zadanie zrealizowano z dotacji z budżetu państwa - realizowane w ramach modułu 3 wieloletniego rządowego programu „Posiłek w szkole i w domu” dotyczącego wspierania w latach 2019-2023 organów prowadzących publiczne szkoły podstawowe w zapewnieniu bezpiecznych warunków nauki, wychowania i opieki przez organizację stołówek i miejsc spożywania posiłków.
Dodatkowo wykonano kilka mniejszych zadań poprawiających infrastrukturę, takich jak: montaż klimatyzacji w sali gimnastycznej, naprawę dachu oraz wykonanie ogrodu sensorycznego, naprawę i przegląd instalacji odgromowej, oraz instalacji solarnej.
Obecnie podejmowane są działania w ramach zapewnienia dostępności placówki dla osób z niepełnosprawnościami. Między innymi: zakup pętli indukcyjnej oraz dostosowanie naszej szkolnej witryny internetowej, a także przystosowanie WC na najwyższej kondygnacji na potrzeby uczniów, poruszających się na wózku inwalidzkim. Dokonano oceny dostępności w naszej szkole oraz opracowano Plan działania na rzecz poprawy zapewnienia dostępności osobom ze szczególnymi potrzebami na lata 2020 -2025r.
Obecnie w skład Zespołu Szkół nr 3 Specjalnych im. Janusza Korczaka wchodzą:
- Szkoła Podstawowa nr 23 Specjalna
- Branżowa Szkoła I Stopnia nr 4 Specjalna
- Szkoła Specjalna Przyspasabiająca do Pracy
- Oddział szkoły przy DPS w Pielgrzymowicach - dla uczniów z głęboką niepełnosprawnością intelektualną
Szkoła prowadzi również Wczesne Wspomaganie Rozowju Dziecka